Zatímco běžnou makrofotografii 2D pořídí každý, kdo má vhodný makroobjektiv, fotografie 3D vyžadují zcela speciální vybavení.
Největší problém, který je třeba vyřešit, je vzdálenost optických os pravého a levého snímku (tzv. stereoskopická báze). Zatímco při fotografování krajiny nebo lidí je tato vzdálenost podobná vzdálenosti lidských očí, u makrofotografií se zmenšuje úměrně velikosti fotografovaných objektů. Umístit jednoduše tak blízko vedle sebe (u malých objektů je to pouze několik mm) dva běžné fotoaparáty či objektivy není technicky možné. U nepohyblivých objektů (např. rostlin) to lze vyřešit použitím jediného fotoaparátu a exponovat dva snímky po sobě, které jsou o potřebnou vzdálenost posunuté. Ale u živočichů, kteří se pohybují, je tento způsob nepoužitelný.
Možných řešení je několik. Jedním z nejsnazších je použití digitálních kompaktů, které mají objektivy na samém okraji těla (např. Kyocera řady SL), upevnit je zrcadlově k sobě a fotografovat oběma současně. Tento způsob je použitelný hlavně pro větší objekty. Úplně malí živočichové – např. pavouci, už vyžadují složitější řešení, která umožňují i změnu ohniskové vzdálenosti a zvětšení. Toho lze dosáhnout např. pomocí speciální konstrukce, ve které se optické osy objektivů sbližují na potřebnou vzdálenost vestavěnými zrcadly.
