Rozdovádění mutanti Želvy Ninja se vrací. Ale vrací se taky krutý Trhač, který se jim chce pomstít.
Želví nepřítel číslo jedna, krutý Asiat přezdívaný Trhač, právě zdrhnul z vězení, kde měl dost času na to, aby vymyslel plán, kterým by se zelenými mutanty srovnal skóre (právě oni se velkou měrou podíleli na jeho zabásnutí). Kvůli jeho realizaci se spojí se šíleným vědcem Baxterem Stockmanem, který vyvinul speciální mutagen schopný přeměnit člověka na zvíře.
Prvními dvěma pokusnými králíky se stanou rabiáti Bebop a Rocksteady, dříve dva oškliví chlapi, teď ohavný kanec a nosorožec. Oba se samozřejmě okamžitě pustí po stopě želvích bratří, ačkoliv ti jim jdou naproti, protože: „Když může ta látka proměnit lidi ve zvířata, proč by nemohla zvířata proměnit v lidi?" Tahle otázka některé členy želvího společenstva poměrně silně vzrušuje.
Brzy ale budou mít úplně jiné starosti, protože do zástupu výše uvedených nepřátel se záhy přidá zástupce velmi naštvané mimozemské civilizace, který si říká Krang. Navzdory svému legračnímu vzezření je to ukrutný prevít, takže zelení bratři budou nakonec rádi, když v boji proti zlu po jejich boku stanou osvědčená reportérka April O´Neillová a mladý rebel Casey Jones, který to s hokejkou a pukem umí jako Jarda Jágr s tím rozdílem, že Casey se netrefuje do branky, ale do lidí. Bude to bitva, jakou svět neviděl, snad během ní borcům v krunýři nevystydne pizza...
